شهرستان جلفا در ناحیه شمال غربی استان آذربایجان شرقی قرار گرفته است. جلفا از سمت شمال به کشورهای ارمنستان و جمهوری آذربایجان، از سمت شرق به مرند و از ناحیه غربی به شهرستان کلیبر منتهی می شود.

وجود رودخانه ارس و مرز مشترک با دیگر کشورها، از جمله فاکتورهای اهمیت شهرستان جلفا به شمار می روند.