مدرسه ضیائیه یا زندان اسکندر بیش از همه به خاطر گذشته رازآلود خود مشهور است. پس از ساخت بنا برای مدت زیادی از آن به عنوان مدرسه مطالعات اسلامی استفاده می شد. به باور برخی این ساختمان بیش از یک مدرسه بوده است. بر اساس شعری از شاعر ایرانی، حافظ، این بنای عظیم جایی بود که اسکندر کبیر اسیران ایرانی را محبوس کرده بود.